Em 2003, a Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior – CAPES, após esforço conjunto dos professores do Departamento de Matemática, à época liderados pelo Prof. Hilário Alencar, recomendou o Curso de Mestrado do Programa de Pós-Graduação em Matemática da Universidade Federal de Alagoas – PPGMAT/UFAL. Este foi o primeiro e, até o momento, único mestrado acadêmico em Matemática ofertado no Estado de Alagoas. O PPGMAT/UFAL foi reconhecido pela Portaria Nº 2.609, do Ministério da Educação, publicada em 25 de agosto de 2004. Em abril de 2008, o Programa foi reavaliado pela CAPES e reconhecido conforme a Portaria Nº 524, do Ministério da Educação, de 29 de abril de 2008, publicada no Diário Oficial da União, Seção 1, em 30 de abril de 2008. A criação do Programa deve-se, em parte, ao relacionamento científico estreito entre os grupos de Geometria Diferencial e Sistemas Dinâmicos do Instituto de Matemática da UFAL e os respectivo grupos da Associação Instituto Nacional de Matemática Pura e Aplicada (IMPA). A proposta atendeu a uma demanda natural de formação de recursos humanos na região e buscou incentivar as atividades de pesquisa do Departamento de Matemática da UFAL. Os professores que participaram da criação do Programa foram:

1. Hilário Alencar da Silva – Doutor pelo IMPA em 1988.
2. Eduardo Perdigão de Lemos – Doutor pela UFPE em 1993.
3. José Adonai Seixas – Doutor pela UNICAMP em 1996.
4. Ediel Azevedo Guerra – Doutor pela UFPE em 2000.
5. José Carlos Almeida de Lima – Doutor pela UNICAMP em 2002.
6. Krerley Oliveira – Doutor pelo IMPA em 2003.

A proposta de criação do Programa contou com o forte apoio do Instituto Nacional de Matemática Pura e Aplicada – IMPA, por meio dos seguintes pesquisadores:

1. Jacob Palis Jr.
2. Manfredo Perdigão do Carmo.
3. Marcelo Viana.
4. Fernando Codá Marques.
5. Enrique Pujals.
6. Marcos Dajczer.

Além disso, a Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Alagoas – FAPEAL apoiou fortemente a iniciativa, financiando as bolsas de mestrado dos primeiros discentes, bem como apoio à infraestrutura do Programa.